Les zones et parcs naturels protégées des Pouilles s’étendant sur 245.154 hectares dont 75,8% sont représentés par les parcs nationaux ( parc national du Gargano et le parc national d’Alta Murgia ) et 8,3% en zones naturelles et en réserves naturelles marines .
Les provinces qui ont le plus haut pourcentage de terres qui sont soumis à la protection sont Foggia (51,5%) et Bari (27,7%).

Province de Foggia

      • Parc national du Gargano : a été institué par l’article 34 de la loi du 6 Décembre 1991. Il couvre 118 144 hectares (une des plus grandes zones protégées). Il fait partie du parc des quatre îles Tremiti (réserve marine). A l’intérieur, vous rencontrerez des paysages les plus divers, de plus de 2200 espèces de plantes, les forêts denses et étendues,  falaises sdonnant sur  la mer à la grande montagne karstique , escarpées, ses gorges boisées aux grands lacs côtiers. Les formations végétales les plus importantes qui peuvent être trouvées sont le hêtre et le chêne chevelu. Le parc possède une riche faune : 170 espèces d’oiseaux, des oiseaux de proie comme la buse , le faucon crécerelle , le faucon , le faucon pèlerin , le hibou grand-duc , la chouette,…..
      • Parc naturel régional du Bosco Couronné : établi par la loi régionale 19 du 19 mai 2006 portant extension d’environ un millier d’hectares dans les basses plaines dans les Pouilles à 12 km de Foggia. A l’intérieur il ya un projet de site d’importance communautaire (SIC) a appelé « Vallée de Cervaro – Bosco dell’Incoronata. »
      • Les autres réserves de la province de Foggia :
        • Réserve naturelle Falascone
        • Réserve naturelle Foresta Umbra
        • Réserve naturelle du Mont
        • Réserve naturelle Ischitella et Carpino
        • Réserve naturelle d’Isola Varano
        • Réserve naturelle du lac de Lesina
        • Salty réserve naturelle du lac
        • Réserve naturelle Masseria Fighters
        • Réserve Naturelle de Monte Barone
        • Réserve naturelle des marais Frattarolo
        • Réserve naturelle Sfilzi

Province de Bari

  • Parc national d’Alta Murgia : le parc a une extension de 67 739 hectares, s’étendant dans la province de Barletta-Andria-Trani et dans la province de Bari , sur le plus haut plateau de la Murgia du Nord-Ouest. Coïncide avec une partie de la plus grande zone de protection spéciale mis en place pour protéger l’habitat de steppe Graminacées du faucon crécerellette Falco.
  • Parc Naturel Régional Lama Balice : développe sur le territoire de Ruvo et, traversant Bitonto , se jette dans la mer à la station Fesca, y compris une plage privée et une partie des terres incultes. Le Lama de 37 kilomètres de long, est le cours de l’ancien ruisseau asséché « Tiflis ». Les maisons médiévales, des églises et de nombreuses fermes parsèment la totalité du parcours de Lama Balice. Certaines sections de la lame sont faibles et sinueuses, tandis que d’autres sont des couches rocheuses abruptes et avoir une très évident. Le Lama, aire de repos pour les oiseaux, se caractérise par de nombreux traits cultivés et les autres d’une riche végétation naturelle (chêne kermès, chêne vert et arbustes). La zone de la lame a été classé comme « Parc Naturel Equipé« loi régionale 21 du 24 Mars 1980 entre la zones protégées régionales de la loi 19 de 1997 .

Province de Barletta-Andria-Trani

  • Réserve naturelle Salina de Margherita di Savoia : la réserve naturelle de Salina est un « espace naturel protégé des Pouilles depuis 1977. Il occupe une superficie de 3.871 ha.

Province de Taranto

  • Oasis La Vela Marsh : le marais, sur les rives de « Mar Piccolo » de Tarente, est une zone naturelle protégée de la propriété de l’Etat. L’environnement est principalement composé de marais et de roseaux typiques de la méditerranée , de vastes marécages et les zones inondées périodiquement.
  • Les autres réserves de la province de Taranto :
    • Parc naturel de la Terre Ravines
    • Réserve naturelle de l’Est Murge
    • Réserve naturelle Stornara
    • Parc municipal Pianelle Forêt
    • Dunes de la côte orientale de Taranto
    • Salina dei Monaci

Province de Brindisi

  • Réserve naturelle Tour Guaceto et réserve maritime Torre Guaceto : La réserve couvre environ 1.200 ha et se présente en front de mer sur une largeur de 8.000 m. La zone est configurée comme un rectangle plus ou moins régulier, avec une profondeur moyenne de 3.000 mètres, traversé et divisé par une autoroute. Une variété importante de domaines diversifiés sont présents sur cette bande côtière. A l’intérieur il y a des petits milieux humides qui se forment pendant et après les pluies et disparaissent durant les périodes chaudes. Présence de quelques sources fraiches durant les mois les plus frais.
  • Parc Naturel Régional du littoral Dunes de Torre Canne à San Leonardo :le parc, sur la côte adriatique, présente des milieux côtiers d’intérêt naturel et pittoresque, surtout sur sur les hauteurs.
  • Les autres réserves de la province de Brindisi :
    • Oasis et protection artificielle du parc de la Cillarese
    • Parc Naturel Régional de Punta della Contessa
    • Parc naturel régional des forêts Cerano
    • Parc naturel régional du Bosco de Santa Teresa Lucci

Province de Lecce

  • Oasis protégée des lacs Alimini : L’Oasis est un des plus beaux sites naturels du Salento, avec un écosystème qui abrite de nombreuses espèces animales et végétales
  • Réserve naturelle Gesine : Etangs marécageux de la côte adriatique, zone humide formée par les étangs Salapi et Pantano Grande , alimentée par la pluie et séparé de la mer par les dunes de sable.
  • Parc de Porto Selvaggio et Capitaine Marsh : Le parc, créé en 2006 est une zone de marais. La côte est rocheuse et déchiquetée, et se caractérise par des forêts de pins et de maquis méditerranéen.
  • Parc Naturel Régional de l’île de Saint- Andrea et côte de Punta Pizzo : l’île sur la côte ionienne, est un peu plus de 1 km du centre historique de Gallipoli . Elle est complètementement plate et sa hauteur maximale ne dépasse pas trois mètres. L’île est donc balayée par les vagues en cas de vent fort, et est donc moins apte à accueillir une végétation riche.
  • Parc Costa Otranto – Santa Maria di Leuca et Forêt de Tricasa : Le parc comprend également la région où se trouve le phare de Punta Palascìa, le point le plus oriental de l’Italie. La mise en place de la zone protégée, située le long de la côte orientale du Salento vise à préserver et rétablir les espèces d’animales et végétales; protéger les valeurs et le patrimoine historique et architectural; augmenter la surface et améliorer le fonctionnement écologique des milieux naturels.
  • Parc Naturel Régional de la côte de Ugento : le parc protège une séquence côtière très précieuse qui se compose d’un système de dunes et derrière les dunes, une série de bassins de marée et de canaux de liaison, par d’imposantes falaises, de ravins et est le domaine plus large du Salento.
  • Zone maritime protégée de Porto Cesareo
  • Réserve naturelle San Cataldo